平成12年(2000年)のある夜、東都大学付属病院の脳外科医・南方仁は、急患で運ばれてきた男性の脳から奇形腫を摘出するが、その後は頭痛と空耳に悩まされる。やがて、集中治療室から脱走した患者を止めようとした仁は、階段から転落してしまう。
意識を取り戻して辺りを見渡すと、そこは侍たちが斬り合う文久2年(1862年)の幕末だった。攘夷派浪人たちに襲われ前頭部に重傷を負った徳川旗本の剣客 橘 恭太郎を、タイムスリップしてきた仁が近代医療により命を救ったことから、恭太郎の妹 橘 咲に気に入られた仁は橘家に居候することになる。
やがて仁は、幕末の人々の運命や歴史を変えていることを自覚しつつも、現代から持ち込んだ知識と幕末の人々の協力により、彼らを救うため近代医療を実現していく。
One night in the year 2000, Jin Minakata, a brain surgeon at Tohto University Hospital, removes a teratoma from the brain of a man who has been rushed in, but afterwards, he suffers from headaches and hearing things as if they are false. Eventually, while trying to stop a patient who has escaped from the intensive care unit, Jin falls down the stairs.
When he regains consciousness and looks around, he finds himself in the late Edo period of 1862, when samurai are fighting each other with swords. After Jin travels back in time and saves the life of Tachibana Kyotaro, a Tokugawa samurai swordsman who was attacked by anti-foreign samurai and seriously injured in the forehead, he is taken in by Tachibana Saki, Kyotaro’s sister, and ends up staying with the Tachibana family.
Eventually, Jin realizes that he is changing the fate and history of the people of the late Edo period, but with the knowledge he has brought from the present and the cooperation of the people of the late Edo period, he makes modern medical treatment possible to save them.