海上自衛隊の潜水艦やまなみが沈没し、艦長の海江田四郎以下乗員70名は死亡したと思われた。だがやまなみの乗員は秘かに脱出しており、日米で秘密裏に開発していた原子力潜水艦シーバットの乗員となる。だが海江田はシーバットの試験運行中に反乱逃亡し、アメリカや日本の手を離れた独立国家やまとを宣言した。
アメリカ、ソ連、日本の思惑が交差する中、海江田は巧みな指揮と高度な戦略で次々と追っ手をかわしていく。
When the Japan Maritime Self-Defense Force submarine Yamanami sinks, it is believed that Captain Kaieda Shiro and all 70 crew members are dead. However, the crew of the Yamanami secretly escape and join the crew of the nuclear submarine Seabat, which was being secretly developed by Japan and the United States. However, Kaieda rebels and escapes during a test run of the Seabat, declaring Yamato an independent nation free from the hands of the United States and Japan.
As the intentions of the United States, the Soviet Union, and Japan intersect, Kaieda evades his pursuers one after another with his skillful command and advanced strategies.
เรื่องราวของกับตันไคเอเดะ ชิโร่ กับลูกเรือได้ให้หายสาบสูญระหว่างปฏิบัติภารกิจบนเรือดำน้ำนิวเคลียร์ยามาโตะ (ยามาโตะ เป็นชื่อเรียกของประเทศญี่ปุ่นสมัยอดีต) โดยเรือดำน้ำมีชื่อเดิมว่าซีแบท (ที่แปลว่า ค้างคาวทะเล) และต่อมาเรือดำน้ำยามาโตะ ได้ประกาศตนเองเป็นประเทศเอกราชยามาโตะ โดยมีอำนาจและสิทธิการเมืองเทียบเท่ากับประเทศอื่นทั่วโลก ในระหว่างเนื้อเรื่องได้มียุทธการต่อสู้ใต้น้ำโดยเรือดำน้ำและตอร์ปิโด และมีการเน้นไปทางทฤษฎีและแนวคิดทางการเมือง