運動好きで頭を使うことが嫌いなごく普通の小学校6年生である進藤ヒカルは、祖父の家で古い碁盤を見つける。碁盤の血痕に気づいたヒカルは、その碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為(ふじわらのさい)の霊に取り憑かれる。非業の死を遂げたという佐為はかつて棋聖・本因坊秀策にも取り憑いていたという。囲碁のルールも歴史も知らないヒカルであったが、「神の一手を極める」という佐為にせがまれて碁を打ち始める。以降、佐為はヒカル以外には姿も見えず会話もできず、物を動かすことすら出来ない存在であることを前提に物語は進む。
Hikaru Shindo, an ordinary sixth grader who likes sports and hates using his brain, finds an old Go board at his grandfather’s house. Noticing bloodstains on the board, Hikaru is possessed by the spirit of Fujiwara no Sai, a genius Go player from the Heian period who resides in the board. Sai, who died an untimely death, is said to have once possessed the Go master Honinbo Shusaku. Hikaru does not know the rules or history of Go, but begins playing at the urging of Sai, who says he will “master the divine move.” From then on, the story progresses under the premise that Sai is invisible to anyone other than Hikaru, cannot speak to him, and cannot even move objects.
ฮิคารุ ชินโด นักเรียนชั้น ป.6 ได้พบกระดานโกะเก่าแก่ที่ห้องเก็บของที่บ้านคุณตาโดยบังเอิญ วินาทีนั้นวิญญาณของ ฟุจิวาระ โนะ ซาอิ ครูสอนโกะของจักรพรรดิสมัยเฮอังที่สิงอยู่ในกระดานนั้นได้ปรากฏกายขึ้นและย้ายเข้ามาอาศัยอยู่ยังซอกมุมหนึ่งในจิตใต้สำนึกของฮิคารุแทน ด้วยความฝังใจอันลึกซื้งของซาอิที่มุ่งมั่นเข้าสู่ความเป็น “หัตถ์เทวะ” ทำให้ซาอิต้องผลักดันให้ฮิคารุก้าวเข้าสู่เส้นทางแห่งโกะจนได้มาพบกับ โทยะ อากิระ นักเรียนชั้นป.6 ผู้มีความสามารถในเชิงโกะเทียบเท่ามืออาชีพและได้เล่นโกะด้วยกัน
ซาอิในคราบของฮิคารุได้แสดงฝีมืออันน่าทึ่งจนทำให้ฮิคารุกลายเป็นเป้าหมายของอากิระ ส่วนความมุ่งมั่นของอากิระก็ได้จุดประกายและกลายเป็นเป้าหมายของฮิคารุ ด้วยความมุ่งมั่นที่จะตามอากิระให้ทันฮิคารุจึงปฏิเสธที่จะเดินหมากกับอากิระต่อไป แต่ได้ฝึกฝนตัวเองด้วยการเข้ามาอยู่ในชมรมโกะ โรงเรียน “ฮาเซะ” ตอนม.ต้นในทีมมี ซึซึอิ มิทานิ คาเนโกะ และ อาคาริ และจะลงแข่งขันในการแข่งขันใหญ่ระหว่างโรงเรียน ฝ่ายอากิระเมื่อทราบว่าฮิคารุปฏิเสธที่จะเดินหมากกับตนแต่จะลงแข่งใหญ่ จึงเข้าร่วมเป็นสมาชิกชมรมโกะโรงเรียนไคโอเพื่อต้องการเดินหมากกับฮิคารุ แต่เมื่อได้เดินหมากด้วยกัน อากิระผิดหวังจนถึงขนาดล้มเลิกความคิดว่าฮิคารุเป็นเป้าหมายในเส้นทางโกะเนื่องจากฮิคารุเองก็ต้องการทราบระยะห่างของฝีมือระหว่างตนกับอากิระ
จากนั้นอากิระก็ได้สอบเป็นมืออาชีพและเลิกสนใจฮิคารุ วันหนึ่งฮิคารุได้มาพบกับประธานชมรมโกะโรงเรียนไคโอโดยบังเอิญ หลังจากได้เดินกับฮิคารุหนึ่งกระดานเพื่อรับทราบระดับของฮิคารุแล้ว ได้ทำให้ฮิคารุตระหนักถึงเส้นทางที่อากิระกำลังก้าวเดิน เมื่อฮิคารุทราบถึงระยะห่างระหว่างตนเองและความแตกต่างในความมุ่งมั่นที่จะไปให้ถึงจุดหมายกับอากิระแล้ว ทำให้ฮิคารุไปสอบอินเซย์ (ที่ฝึกโกะให้เป็นมืออาชีพ) และในที่สุดก็ได้เป็นมืออาชีพและได้ประลองกับอากิระอีกครั้งในฐานนะชินโด ฮิคารุ ไม่ใช่ซาอิในคราบของฮิคารุ