ヴァーリ・トゥードを制覇し、ケンシン・マエダとの一戦の為に九十九がコロンビアの紛争地帯に向かってから3年近い月日が流れた。
あれから九十九は一切の消息を絶ち、周囲も安否すら確かめられないままに月日を過ごしていた。次々と新しい世代の格闘家達や大会が現れ、何時しか九十九の名を知る者も限られる様になっていた。そんな九十九不在の中、日本で開催されていた総合格闘技大会「兵(つわもの)」に圓明流の技を使う覆面格闘家唵が登場、九十九の再来ではないかとの噂が立つ。
同じ頃、街中で九十九と共に消息を絶っていたマッイイツォを見つけた舞子は九十九の行方を尋ね、九十九は既に日本に戻っているが「行方不明となっている」と知らされる。舞子達は唵が九十九ではないと感じながらも確信を持てず、唵とプロレスラー宮本翔馬の試合観戦に向かう。宮本の入場コールにも関わらず、唵に似た覆面の選手が入場してくるが、その正体は宮本ではなく、山田という正体不明の男性の暗躍により現れた九十九であった。
九十九は唵の元々の対戦相手である宮本を下し、続いて唵の正体であった毅波秀明をも破って、陸奥圓明流の不敗神話が今もまだ続いていた事を世に知らしめる。次は「兵」王者ミカエル・ビーゴルストかと思われたが、ビーゴルストは台湾からやって来たルゥ・フォン・シェンに敗れる。ルゥ・フォン・シェンは台湾の暗殺者一族「呂家」の1人であった。呂家のルゥ・フォン・シェンをリング上で、ルゥ・ズ・ミィンをリング外で破った九十九は、アメリカの格闘団体TSFと「兵」とで繰り広げられるトーナメント戦「THE APEX」に参戦する。その初戦でTSF王者ヴォーダン・ファン・デル・ボルトを破り、決勝戦で呂家のジャン・ズ・ヤと闘う。決勝戦でケンシン・マエダとの一戦の記憶が蘇り、自身=陸奥圓明流が未だ不敗である事を思い出した九十九は四門を開き四神・青龍によってジャン・ズ・ヤを打ち倒す。
「THE APEX」終了後、「兵」主宰者・羽生つばさは九十九を別荘で養生させると共に、アメリカで武者修行を続けていた海堂晃を招待。舞子や龍造寺徹心、片山右京、山田らを観戦者として、再戦の約束が果たされる。
Nearly three years have passed since Tsukumo won Vale Tudo and headed to the conflict zone in Colombia to fight Kenshin Maeda.
Since then, Tsukumo has not been heard from at all, and the days have passed without anyone being able to confirm his safety. One after another, new generations of fighters and tournaments have appeared, and before long, only a few people know Tsukumo’s name. In Tsukumo’s absence, a masked fighter named Om, who uses Enmei-ryu techniques, appears at the mixed martial arts tournament “Tsuwamono” held in Japan, and rumors spread that he might be Tsukumo’s reincarnation.
At the same time, Maiko finds Maciizzo, who has disappeared with Tsukumo in the city, and asks about Tsukumo’s whereabouts. She is informed that Tsukumo has already returned to Japan, but is “missing.” Maiko and her friends feel that Om is not Tsukumo, but are not sure, so they head to watch a match between Om and professional wrestler Shoma Miyamoto. Despite Miyamoto’s entrance call, a masked fighter resembling Om enters the ring, but it turns out that he is not Miyamoto, but Tsukumo, who was secretly scheming with the help of an unidentified man named Yamada.
Tsukumo defeats Miyamoto, Om’s original opponent, and then defeats Hideaki Takenami, Om’s real identity, letting the world know that the undefeated myth of the Mutsu Enmei-ryu style is still alive. It seems that the next fighter will be Michael Bieghorst, the “Soldier” champion, but Bieghorst is defeated by Lu Feng Shen, who came from Taiwan. Lu Feng Shen is a member of the Taiwanese assassin clan, the “Lu family.” After defeating Lu Feng Shen of the Lu family in the ring and Lu Zi Ming outside the ring, Tsukumo enters the tournament “THE APEX,” which is being held between the American fighting organization TSF and the “Soldiers.” In the first match, he beats TSF champion Vodan van der Bolt, and in the finals he faces Jan Zu Ya of the Lu family. In the finals, Tsukumo recalls his fight with Kenshin Maeda and remembers that he, the Mutsu Enmei-ryu, is still undefeated. He opens the four gates and defeats Jan Zu Ya with the Four Gods of Blue Dragon.
After “THE APEX” ends, Tsukumo’s leader, Hanyu Tsubasa, lets Tsukumo recuperate at his villa and invites Kaido Akira, who has been training in America. With Maiko, Ryuzoji Tetsushin, Katayama Ukyo, Yamada, and others as spectators, the promise of a rematch is fulfilled.